Aunque se trata de un trasunto de la portada principal, la conocida como Puerta de los Perdones reúne el mismo esquema iconográfico y constructivo. Dividida en dos cuerpos, está situada a los pies de la nave central catedralicia, también obra de Juan de Orea. Concluida en 1569, como dejan constancia las inscripciones latinas que en ella pueden advertirse, levantándose la portada bajo el episcopado de Villalán y reinando en España Felipe II.