Los hallazgos arqueológicos paleocristianos corroboran la presencia de la comunidad cristiana fundada por San Indalecio, hasta la invasión musulmana del siglo VIII. Abderramán III, en el período de apogeo del Califato de Córdoba, erige Almería como centro neurálgico de la comarca, que durante la época de Taifas (siglo XI) vive un período de esplendor urbano, cultural y comercial debido, fundamentalmente, a su situación estratégica a orillas del Mediterráneo.

Durante una década la ciudad pasó a estar controlada por las tropas cristianas comandadas por Alfonso VII de Castilla, que no pudo esquivar el envite de los almohades que reincorporaron la ciudad al dominio musulmán nuevamente hacia 1157; desparecido el poder almohade, Almería pasó a formar parte del Reino Nazarí de Granada hasta que en 1489 las tropas de los Reyes Católicos recobraron la ciudad a la fe cristiana, reinstaurando en ella el antiguo episcopado fundado cientos de años atrás por San Indalecio, cuya memoria se habilita nuevamente.

En los años siguientes se levantó una primitiva catedral en el perímetro que en tiempos medievales fue ocupado por la Mezquita Mayor, aunque este primer templo quedó seriamente dañado por un terremoto. La llegada del obispo Fray Diego de Villalán dará un impulso definitivo al patrimonio urbano –y espiritual- de Almería, con la construcción sobre un emplazamiento diferente de un nuevo templo madre de la diócesis: la Santa, Apostólica Iglesia Catedral de la Encarnación, con su notable aspecto exterior de fortaleza para la defensa frente a los continuos ataques de piratas berberiscos que asolaban las costas mediterráneas.